تنظم المؤسسة ندوات عامة ومغلقة ومحاضرات سنوية تكريمية.
أ ـ الندوات العامة
تنظم المؤسسة وتشارك في تنظيم ندوات ومؤتمرات عالمية عدة لعل أهمها مؤتمر MESA الذي يعقد سنوياً في الولايات الأميركية والذي يحضره حوالي 1500 أستاذ وباحث من أهم الباحثين والخبراء في شؤون الشرق الأوسط. ودرجت المؤسسة منذ سنوات على تنظيم ندوة أثناء مؤتمر MESA تعنى بالقضية الفلسطينية و تعالج مستجدات تطوراتها. ولقد ركزت ندوتها السنوية هذه منذ 1992 على المفاوضات الفلسطينية الإسرائيلية وعلى قضايا المرحلة النهائية بنوع خاص، أي قضايا القدس، والمستعمرات، والحدود، واللاجئين وحـق العـودة والميـاه وغيرهـا. وتهـدف النـدوة السـنوية هذه إلى تحليل استراتيجيات إسرائيل وأهدافها في كل من هذه القضايا.

ب ـ الندوات المغلقة
تعقد المؤسسة ندوات مغلقة فصلية يسهم فيها مديرو مكاتبها، ورؤساء تحرير مجلاتها وكبار باحثيها وضيوف من الأراضي المحتلة والبلاد العربية. ويشكل هؤلاء نخبة من أفضل الطاقات الفكرية العربية والفلسطينية. وتعقد هذه الندوات طوال يوم واحد أو يومين وتعالج بحرية مطلقة قضية بعينها مثل القدس، المستعمرات، اللاجئين الخ أو تناقش تطورات القضية واحتمالات المستقبل.
ويحرص المشاركون في هذه الندوات على استعراض السيناريوهات الممكنة والبدائل المتوفرة لكل من الأطراف العربية، تجاه استراتيجيات إسرائيل والأطراف الدولية. وتنشر خلاصة مكثفة لمداولات بعض الندوات في مجلة الدراسات الفلسطينية و/أو توزع على دائرة مختارة من المسؤولين والمهتمين العرب والفلسطينيين.

ج ـ المحاضرات السنوية التكريمية
أنشأت المؤسسة محاضرة سنوية باسم الدكتور قسطنطين زريق يلقيها مفكر عربي أو أجنبي بالعربية أو الإنكليزية حول قضايا الوطن العربي. كما أنشئت في المؤسسة محاضرة حول القدس باسم "ندوة برهان الدجاني السنوية عن القدس" تعقد سنويا في القدس الشرقية. وقد أقر مجلس الأمناء إقامة هاتين المحاضرتين السنويتين تكريماً لذكرى الراحلين الكبيرين وتقديراً لعطاءاتهما الفكرية والنضالية وخدماتهما للقضايا العربية بعامة ولمؤسسة الدراسات الفلسطينية بخاصة.