أنشئت المؤسسة رسمياً في بيروت بتاريخ 12/12/1963 كجمعية لبنانية بموجب "علم وخبر" صادر عن السلطات اللبنانية وبطلب من مؤسسي المؤسسة وكان التشاور في تأسيسها قد بدأ في مطلع عام 1961 بين ثلاثة من رجال الفكر المقيمين في بيروت: الدكتور قسطنطين زريق (توفي سنة 2000)، والأستاذ وليد الخالدي، والأستاذ برهان الدجاني (توفي سنة 2000)، واتسع نطاق التشاور حول تأسيس المؤسسة في العامين التاليين ليشمل على التوالي كلا من: الدكتور نبيه فارس (توفي سنة 1967)، والشيخ سعيد حماده (توفي سنة 1991)، والدكتور ادمون ربّاط (توفي سنة 1991)، والدكتورة نجلا أبو عز الدين، والدكتور فؤ اد صروف (توفي سنة 1985)، والشيخ موريس الجميّل (توفي سنة 1970)، والسيدة وداد قرطاس (توفيت سنة 1979)، والرئيس (لاحقاً) شارل حلو (توفي سنة 2001). وانضم هؤلاء جميعاً إلى هيئة إدارة المؤسسة التي حصلت من السلطات اللبنانية على الإذن بتأسيسها. ويشرف على إدارتها مجلس أمناء يتألف اليوم (عام 2002) من 40 شخصية من عدد من الأقطار العربية. ويتولى مسؤولية رسم السياسة العامة للمؤسسة وتخطيط برامجها الدراسية والنشرية استناداً إلى استراتيجية بحثية يضع أولوياتها في اجتماعاته السنوية في ضوء احتياجات القضية الفلسطينية وتطور الصراع العربي ـ الصهيوني. ويُعنى المجلس بتأمين موارد المؤسسة ومراقبة إنفاقها والمصادقة على موازنتها، وبصورة عامة الإشراف على جميع أعمالها ونشاطاتها.
تتألف موارد المؤسسة من ريع وقفيتها، ومما تتلقاه من تبرعات ومعونات مالية غير مشروطة من هيئات عربية حكومية وشعبية، ومن اكتتابات أفراد ومؤسسات خاصة، ومن مساهمات جامعات ومعاهد في مشاريع نشر مشتركة، ومن ريع مطبوعاتها.
وتضم المؤسسة دوائر وأقساماً للبحث والتوثيق والترجمة والتحرير والنشر، وأخرى إدارية للتوزيع والمحاسبة والخدمات الداخلية. ويسير العمل في أقسام البحث والتوثيق وفق نهج تخصصي في إطار عمل منسّق وإنتاج متكامل.
يقع مقر المؤسسة ومكتبتها الرئيسية في بيروت ولها أربعة مكاتب في كل من واشنطن وباريس والقدس ونتقوسيا ومجموعة عمل في لندن. ولقد صدر عن المؤسسة منذ إنشائها أكثر من خمسمائة كتاب بالعربية والإنجليزية والإفرنسية وتصدر المؤسسة مجلتين فصليتين بالإنجليزية ومجلة بالعربية ورابعة بالإفرنسية.

وفيما يلي التفاصيل حول مبادىء المؤسسة وهيكليتها ومحاور النشاط البحثي والإعلامي ونتاج المؤسسة ونشاطاتها.

أولاً : مبادىء المؤسسة
1 ـ النظر إلى القضية الفلسطينية والصراع العربي ـ الصهيوني من منظار المصلحة العربية الجماعية.
2 ـ الاستقلال في العمل وعدم الارتباط بأية حكومة أو أي حزب أو تنظيم.
3 ـ الاقتصار على النشاط العلمي والبحثي والإعلامي الرصين الموجه نحو النخب العربية والأجنبية.
4 ـ الابتعاد عن النشاط السياسي المباشر والخلافات بين الدول والأطراف العربية.
5 ـ توخي الموضوعية ونبذ الانفعال والعنصرية والتجريح في كتاباتها ونشاطاتها كافة.
6 ـ التطوع في العمل من قبل أعضاء مجلس الأمناء ولجنته التنفيذية.

ثانيا: هيكلية المؤسسة
تتألف المؤسسة من:
1 ـ مجلس أمناء مكوّن من 40 شخصية عربية، يجتمع مرة كل سنة لدراسة وإقرار برنامج البحث والموازنة والتقارير الإدارية والمالية.
2 ـ لجنة تنفيذية ينتخبها مجلس الأمناء من بين أعضائه لمدة ثلاث سنوات، وتشرف على أعمال المؤسسة في الفترات التي تفصل بين اجتماعات مجلس الأمناء.
3 ـ لجنة مالية مركزية ينتخبها مجلس الأمناء من بين أعضائه، وهي التي توجه السياسة المالية للمؤسسة، وخاصة فيما يتعلق بوقفيتها.
4 ـ لجنة أبحاث مركزية تعينها اللجنة التنفيذية برئاسة أمين السر، وتقوم بدراسة خطط البحث وترفع توصياتها إلى اللجنة التنفيذية.
5 ـ لجنة رؤساء تحرير المجلات، تعينها اللجنة التنفيذية برئاسة أمين السر، وتقوم بالتنسيق بين مجلات المؤسسة الدورية الأربع.
6 ـ اللجنة الإدارية: تتألف من مديري مكاتب المؤسسة ورؤساء تحرير المجلات برئاسة أمين السر، وتجتمع دورياً للتنسيق بين نشاطات المكاتب.
7 ـ لجنة المكتبة: برئاسة أحد أعضاء اللجنة التنفيذية وعضوية أمينة المكتبة وخمسة من أعضاء لجنة الأبحاث.
8 ـ لجنة الانترنيت: برئاسة أحد أعضاء اللجنة التنفيذية وعضوية أربعة  أعضاء من لجنة الأبحاث وأمينة المكتبة.
9 ـ العاملون في مكاتب المؤسسة في مختلف الأقسام والدوائر.